Per permettere a contenuti html (o dhtml) di essere visualizzati sovrapposti a contenuti flash, le normali direttive z-index applicabili ai div non servono.
La soluzione è quella di aggiungere un parametro di configurazione ai tag object e embed del flash.
Il parametro è wmode, e va impostato su transparent.
<OBJECT ...>
<PARAM NAME="wmode" VALUE="Transparent">
<embed .... wmode="Transparent"></embed>
</OBJECT>